中醫學認為三叉神經痛是因為感受風寒、痰火之邪及陽明胃熱所致，而以風邪為主。因為陽明經絡受風毒傳人經絡而凝滯不行，故有此證，或因為情感內傷、肝失條達，郁而化火，上擾清空所致。另外因為氣血癌滯，阻塞經絡而為痛。臨床上以肝膽風火和陽明燥熱多見。

    西醫學認為三叉神經根被鄰近的小團異常血管壓迫是主要原因。三叉神經痛分為原發性和繼發性兩種。原發性三叉神經痛病因目前尚未完全了解，繼發性三叉神經痛的病因由小腦橋腦角腫瘤、三叉神經根及半月神經節腫瘤，血管畸形、動脈瘤、蛛網膜炎、多發性硬化等引起。此處主要介紹原發性三叉神經痛。關于三叉神經痛的病理變化尚無一致意見。過去認為原發性三叉神經痛并無特殊病理改變．近來有人在治療三叉神經痛病人作感覺根切斷術時進行活檢，發現有些纖維脫髓鞘或髓鞘增厚，軸突變細或消失。