目前對原發性三叉神經痛的病因仍不清楚，有以下幾種說法：

    (1)血管壓迫學說： 　　1920年Cushing提出，原因不明的顱神經麻痹，可由腦干附近的動脈壓迫所致。壓迫血管可能是腦底動脈和小腦上動脈。

    (2)機械壓迫學說： 　　1937年Lee提出三叉神經痛是由于三叉神經根受到巖骨嵴的壓迫所致。有人發現三叉神經痛患者齒狀突的位置平均較正常人為低。而顱底陷入是導致三叉神經痛的主要原因。

    (3)缺血學說： 　　因三叉神經痛多見于50歲以上的老年人，因易合并有動脈粥樣硬化及腦缺血，故有人提出，三叉神經節的神經細胞因反復缺血而致三叉神經痛。

    (4)中樞病源學說： 　　有人把三叉神經痛解釋為丘腦癥候群，類似癲癇發作。病灶并不在三叉神經根、半月神經節或周圍支上，而是由于丘腦 皮層機能障礙和脊髓三叉神經核團異常引起，三叉神經脊髓束核羅氏膠質內中間神經元變性，中樞性門功能的抑制解除而致疼痛發作。

    (5)其他學說： 　　有人認為三叉神經痛是病灶性或病毒感染所致，提出感染學說；還有人認為由于患者胃酸減低、蛋白質消化不良，產生組織胺或類組織胺物質，使三叉神經過敏性水腫而致三叉神經痛的變態反應學說。